Lefkoşa İngiliz Okulu’ndaki eğitiminden sonra ODTÜ Kamu Yönetimi Bölümü’nden 1968 yılında mezun oldu. George Washington Üniversitesi’nde Kamu Yönetimi ve Davranış Bilimleri alanında yüksek lisansını 1971 yılında tamamladı.
Mezuniyetinden başlayarak Kıbrıs Türk Yönetimi’nde İnsan Kaynakları Danışmanlığı, Kıbrıs Vakıflar İdaresi’nde İdari İşler Şefliği ve BM Kalkınma Programı çerçevesinde Kıbrıs Verimlilik Merkezi’nde eğitmenlik yaptı.
1975-1978 yılları arasında Libya ve İngiltere’de özel bir şirkette yönetici olarak çalıştı. 1978 yılında adaya geri döndükten sonra serbest çalışmaya ve ticari çalışmaları yanında danışmanlık hizmetleri vermeye başladı. Bu kapsamda BM Kalkınma Programı’nın Kıbrıs projelerine danışmanlık yaptı. 1988-1993 yılları arasında Doğu Akdeniz Üniversitesi’nde Stratejik Planlama dersi verdi.
1994 yılında KKTC Kurucu Cumhurbaşkanı Rauf R. Denktaş tarafından Cumhurbaşkanlığı Siyasi İşler ve Araştırma Özel Danışmanlığına ve 1998 yılında KKTC Cumhurbaşkanlığı Müsteşarlığına atandı. Bu dönemde Kıbrıs müzakere sürecinde teknik koordinatörlük görevlerini yürüttü. Doğu Akdeniz Üniversitesi ve Yakın Doğu Üniversitesi’nde Kıbrıs Müzakere Süreci ve Müzakere Teknikleri üstüne dersler verdi. 2001-2004 yıllarında yürütülen Annan Kapsamlı Çözüm Planı müzakerelerinde Cumhurbaşkanı Rauf R. Denktaş’ın yanında Müsteşarı olarak yer aldı. 2005 yılında Rauf R. Denktaş’ın görev süresinin sonunda onunla birlikte Cumhurbaşkanlığındaki görevinden ayrıldı. Bir düşünce kuruluşu olan Beşparmak Düşünce Grubu’nun kuruluşunda bulunarak iki dönem Genel Koordinatörlüğünü yürüttü.
2010 yılında Derviş Eroğlu’nun Cumhurbaşkanı seçilmesi üzerine Eroğlu’nun Müzakere Süreci Danışma Kurulu’nda yer aldı ve Ekim 2014 tarihinde Müzakerecilik görevine atanarak bu görevi Cumhurbaşkanı Derviş Eroğlu’nun Nisan 2015 tarihinde görevi sona erene dek sürdürdü.
Ersin Tatar’ın Cumhurbaşkanı seçilmesi üzerine 1 Kasım 2020 tarihinde Kıbrıs sorununa ilişkin temaslarda Cumhurbaşkanı’nın Özel Temsilcisi atandı. Halen bu görevi sürdürmektedir.
Kıbrıs Uyuşmazlığı ve Müzakere Süreci hakkında yayınlanmış çok sayıda makalesi bulununan M. Ergün Olgun’un son olarak İtalyan “Istituto Affari Internazionali” tarafından yayınlanan (Ekim 2019) 'Hydrocarbons Will Determine the Political Future of Cyprus' isimli makalesi ve Efil Yayınevi (Ankara) tarafından yayınlanan (2020) “Kıbrıs Müzakere Süreci Seyir Defter” isimli kitabı bulunmaktadır.