1973 Ortadoğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) Mimarlık Fakültesi mezuniyetinden sonra Lefkoşa’ya yerleşti. 1975 KıbrısTürk Federe Devleti Kurucu Meclis’ine seçilerek görev yaptı. 1976 28 yaşında Lefkoşa Türk Belediyesi Başkanlığı’na seçildi. Bu görevi 1976-1990 yılları arasında 14 yıl boyunca kesintisiz sürdürdü. 1978 LTB Başkanlığı sırasında Lefkoşa Rum Belediye Başkanı ile Lefkoşa Kanalizasyon Projesi ve Lefkoşa İmar Planı konularında uzlaşma sağlayarak bu projelerin işbirliği içinde hayata geçmesini sağladı. Bu çerçevede Lefkoşa İmar Planı 1989 yılında ‘Dünya Habitat Ödülü’ne, 2007 yılında ise Ağa Han (Aga Khan) Mimarlık ödülüne layık görüldü 2003 yılında da Lefkoşa Rum Belediyesi eski Başkanı ile yaptıkları çalışmalardan ötürü ‘Europa Nostra Onur Ödülü’ne (Medal of Honour) layık görüldü.
1983 Kıbrıs Türk Belediyeler Birliği’nin kuruluşunda etkin rol üstlenerek birliğin ilk başkanlığını yaptı. 1987 - 1987 yılından 2001 yılına kadar Toplumcu Kurtuluş Partisi (TKP) Genel Başkanlığı görevinde bulundu. 1993-1993 - 2009 yılları arasında KKTC Cumhuriyet Meclisi’nde milletvekilliği görevini sürdürdü. 1999 - 1999 - 2001 döneminde Başbakan Yardımcılığı ve Turizm Bakanlığı görevini üstlendi. 2003 Annan Planı döneminde oluşturulan Barış ve Demokrasi Hareketi’nin (BDH) kurucularından olup, liderliğini üstlendi. Toplumcu Demokrasi Partisi (TDP)’nin oluşumu ile birlikte başkanlık görevini devretti. Oxford, Harvard ve Yale Üniversiteleri gibi dünyaca tanınmış akademik platformlar ile Chatham House gibi uluslararası forumlarda Kıbrıs konusuna ilişkin konferanslar verip panellere konuşmacı olarak katıldı. 2010‘Belediye Başkanlığı’nda 14 Yıl’ isimli kitabı yayınlandı. 2015 tarihinde gerçekleştirilen KKTC Cumhurbaşkanlığı seçiminde Cumhurbaşkanlığı görevine seçilmiştir.
2020 yılında Cumhurbaşkanlığı görevi sona ermiştir. İyi derecede İngilizce bilen Mustafa Akıncı, evli, üç çocuk ve iki torun sahibidir.